Penyaluran Dana Desa tahun 2020 ini dilakukan dari Rekening Kas Umum Negara (RKUN) langsung ke Rekening Kas Desa (RKD) melalui Rekening Kas Umum Daerah (RKUD). Hal tersebut telah tertuang dalam Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 205/PMK.07/2019 tanggal 31 Desember 2019 tentang Pengelolaan Dana Desa.
Dengan mekanisme tersebut, Dana Desa akan diterima oleh Desa pada tanggal yang sama dengan tanggal penyaluran dari RKUN dengan tetap tercatat dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Kabupaten/Kota.
Dalam PMK tersebut juga mengatur mekanisme penyaluran yang terdiri dari pertama, kepala desa menyampaikan dokumen persyaratan penyaluran kepada Kepala Daerah. Kedua, Kepala Daerah melakukan verifikasi penyesuaian dokumen persyaratan penyaluran.